cBioportal中文教程 _使用教程

使用教程

cBioPortal是一个集癌症基因组数据和临床数据于一体的国际公共数据库，它整合了包括TCGA和ICGC在内的大型肿瘤研究项目的数据，该平台不仅提供基因水平的数据，如体细胞突变、DNA拷贝数改变（CNA）、mRNA和microRNA (miRNA) 表达等，还包含DNA甲基化、蛋白质丰度以及磷蛋白丰度等信息。

操作界面

cBioPortal提供了一个直观且用户友好的交互式网页界面，用户无需注册即可直接访问并使用其功能，在主页面上，用户可以轻松地通过选择特定的研究或输入感兴趣的基因来开始他们的分析，cBioPortal支持用户通过程序下载数据集，以进行更深入的分析。

数据检索与下载

用户可以在cBioPortal中查询单一癌症研究或跨癌症研究的数据，查询时，可以选择查看个体癌症样本的相关基因改变，这包括探索选定基因中的基因变异以及这些变异之间的关系，平台也允许查看同一个基因在不同数据类型之间的关系。

数据分析功能

1. 可视化工具

cBioPortal提供了强大的可视化工具，用户可以利用这些工具生成文章级别的图表，这些图表可以帮助研究者更好地理解基因变异对癌症发展的影响，并且可以将结果直接用于科研发表。

2. 综合分析

对于复杂的癌症基因组和临床数据的整合分析，cBioPortal能够展示基因在不同癌症类型中的表达情况及其与临床结果之间的相关性，这种分析有助于揭示特定基因改变与疾病进展及患者生存率之间的潜在联系。

应用案例

作为cBioPortal的一个应用案例，研究人员曾利用该数据库深入分析了ACE2的基因组学变化，他们从多个角度（如突变、融合、扩增和删除）探讨了ACE2在各种肿瘤中的突变情况，并识别出了最常见的突变类型，这种深入的分析为了解ACE2在肿瘤发生中的作用提供了重要信息。

相关问答FAQs

cBioPortal是否支持批量数据下载？

是的，cBioPortal支持用户通过程序方式下载数据集，这使得研究人员可以批量获取数据进行更深入的分析。

如何利用cBioPortal探索特定基因在癌症中的作用？

用户可以通过在cBioPortal的搜索框中输入特定基因的名称，选择相关的研究项目，然后利用平台提供的各种分析工具（如可视化和比较工具）来探索该基因在不同癌症类型中的变异情况及其可能的生物学影响，通过查看基因改变与患者临床数据之间的关联，还可以进一步评估该基因变异对疾病进展的潜在影响。

cBioPortal作为一个综合性的癌症基因组数据平台，为用户提供了一个宝贵的资源，使他们能够轻松访问、分析和下载大量的癌症基因组数据，通过其友好的用户界面和强大的分析工具，研究人员可以更有效地探索基因在癌症中的作用，从而推动癌症研究的进展。