RT-cDNA
RT-cDNA(Reverse Transcription cDNA)即逆转录cDNA,是通过逆转录酶的作用,以RNA或mRNA为模板合成的第一条链cDNA,这一过程是RT-PCR(逆转录聚合酶链式反应)技术中的关键步骤之一,在RT-PCR中,首先提取细胞或组织中的总RNA或mRNA,然后利用逆转录酶和引物从RNA合成第一链cDNA,再通过PCR扩增合成目的片段。
引物
在RT-cDNA合成过程中,常用的引物有以下几种:
1、随机引物:由多个任意碱基连接而成的一套寡聚引物组,常见的有random(6)、random(9)、random(10)等,随机引物可以结合到mRNA上的多个位点,因此适用于长片段mRNA的5′-末端序列获取及带有二级结构区域或逆转录终止位点的模板RNA的反转录反应,由于其特异性较低,合成的cDNA产物复杂程度较高,可能会降低后续PCR反应的敏感度和特异性。
2、Oligo(dT)引物:是针对真核生物具有Poly(A)尾的mRNA设计的引物,一般由12-18个胸腺嘧啶(T)组成,由于Poly(A+)RNA仅占总RNA的1%-4%,因此使用Oligo(dT)引物合成的cDNA数量和复杂度相对较低,这种引物特异性较高,但要求RNA样品具有完整的Poly(A)尾,且对于较长的mRNA可能无法完全延伸到5’端。
3、特异性引物:是根据目标RNA的已知序列设计的引物,具有较高的特异性,使用特异性引物可以消除RT-PCR时基因组DNA污染对结果的影响,并产生更为特异的PCR扩增,特异性引物的设计需要事先知道目标RNA的序列信息。
RT-cDNA及其引物在分子生物学研究中具有重要意义,在选择引物时,需要根据实验目的、样品类型和研究需求等因素进行综合考虑和选择。
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