circRNA数据库，探索环状RNA的奥秘与应用前景

环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，它们在基因表达调控中扮演着重要角色，近年来，随着高通量测序技术的发展，越来越多的circRNA被发现并被证明与多种疾病的发生和发展密切相关，为了更好地研究和利用这些circRNA，科学家们建立了多个专门的数据库，本文将详细介绍几个主要的circRNA数据库，包括它们的功能、特点以及如何使用这些数据库进行研究。

circBase

简介：circBase是一个收集和整合基于测序数据发现的circRNA的数据库，目前包含人类、小鼠、秀丽线虫、黑腹果蝇、矛尾鱼和腔棘鱼等物种的circRNA信息。

功能：

序列搜索：用户可以通过输入circRNA序列来搜索数据库中的相关信息。

标识符搜索：通过基因描述或基因组位置等信息进行搜索。

Table Browser：类似于UCSC的用法，用户可以设定一组条件来检索一组数据集。

数据导出：支持多种形式的数据导出，包括表格和FASTA文件。

特点：

提供详细的基因组序列和注释信息。

支持多物种查询，适用于比较基因组学研究。

界面友好，易于操作。

CircInteractome

简介：CircInteractome是一个专注于circRNA机制研究的数据库，整合了109个RNA结合蛋白（RBPs）数据集，并预测了circRNA与RBP结合的位点。

功能：

结合位点预测：预测已知的RNA结合蛋白与circRNA的结合位点。

互作网络构建：构建circRNA与其他分子（如miRNA、蛋白质）之间的互作网络。

引物设计：帮助设计Divergent PCR引物和circRNA特异性siRNA。

特点：

提供了丰富的生物信息学工具，便于研究人员进行实验设计和数据分析。

集成了TargetScan数据库信息，增强了预测的准确性。

适合新手入门，操作简便。

3. TSCD (Tissue-Specific CircRNA Database)

简介：TSCD是一个专门检索人和小鼠中组织特异性circRNA信息的数据库，基于ENCODE和NCBI GEO数据库的RNA-seq数据。

功能：

组织特异性表达查询：用户可以查询成年人类16个组织和人类胚胎15个组织中的特异性表达circRNA。

疾病关联分析：提供circRNA在不同疾病状态下的表达变化情况。

数据可视化：支持热图或散点图等形式展示circRNA在不同组织或细胞系中的表达量。

特点：

专注于组织特异性表达，有助于发现新的生物标志物。

数据来源可靠，基于大规模公共数据集。

提供详细的表达谱信息，便于深入分析。

MiOncoCirc

简介：MiOncoCirc是一个基于临床肿瘤样本的circRNA数据库，包含了2000多个临床肿瘤样本中的circRNA表达信息。

功能：

临床样本查询：用户可以查询某个circRNA在不同癌症临床样本中的表达情况。

罕见癌症类型：涵盖原发肿瘤、转移瘤及一些罕见癌症类型的circRNA数据。

突变和拷贝数分析：提供相关基因的突变和拷贝数变化信息。

特点：

首个以临床样本为基础的circRNA数据库，数据真实可靠。

覆盖广泛的癌症类型，为癌症研究提供了宝贵的资源。

支持数据下载，方便进一步分析。

5. Cancer-Specific CircRNA Database (CSCD)

简介：CSCD是一个肿瘤特异性circRNA数据库，由87个肿瘤细胞系中获得的228个RNA-seq数据整合而成。

功能：

肿瘤细胞系查询：根据肿瘤细胞系、基因名或亚细胞定位定向检索circRNA。

算法结果整合：整合了4种常用的circRNA分析算法的结果。

详细信息展示：提供circRNA的来源基因、染色体位置、表达量等信息。

特点：

数据量大，包含272152个肿瘤特异性表达的circRNA信息。

支持多种检索方式，便于快速找到目标circRNA。

提供详细的注释信息，有助于理解circRNA的功能。

exoRBase

简介：exoRBase是一个基于外周血中外泌体的RNA-seq数据的数据库，收集了正常个体和多种疾病患者的circRNA、lncRNA和mRNA的表达数据。

功能：

疾病状态查询：用户可以查询不同疾病状态下外泌体中的circRNA表达水平。

数据可视化：提供可视化图形展示不同样本间的表达差异。

综合分析：结合其他类型的非编码RNA数据，进行综合分析。

特点：

专注于外泌体中的非编码RNA，为液体活检提供了新的思路。

数据来源多样，涵盖了多种疾病类型。

界面直观，易于理解和使用。

CIRCpedia

简介：CIRCpedia是一个更新的综合数据库，包含来自六个不同物种（人、大小鼠、果蝇、斑马鱼）的180多个RNA-seq数据集的circRNA注释。

功能：

跨物种查询：支持跨物种的circRNA查询和比较。

详细注释：提供每个circRNA的基因组位置、外显子结构、保守性等信息。

交互式浏览：用户可以通过交互式界面浏览和筛选circRNA数据。

特点：

数据丰富，涵盖了多个物种和组织样本。

提供详细的注释信息，有助于深入研究circRNA的功能。

界面友好，适合各种层次的用户使用。

deepBase

简介：deepBase是中山大学推出的一个数据库，从新一代测序技术数据中注释和鉴定circRNA/miRNA/piRNA等及它们的表达模式。

功能：

多组学数据查询：用户可以查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表达、物种保守性、功能、注释等信息。

数据下载：支持下载不同物种不同组织中的表达数据。

网络互作分析：强调ceRNA分子网络互作，提供互作网络图。

特点：

综合性强，涵盖了多种非编码RNA和编码RNA的数据。

提供详细的表达谱和功能注释，便于全面了解circRNA的作用。

支持数据下载，方便本地化分析。

CircFunBase

简介：CircFunBase是一个记录模型植物和动物中功能性circRNA的综合存储库，当前版本记录了超过7000个手动策划的功能circRNA条目。

功能：

功能查询：用户可以查询特定circRNA的功能及其在特定生物过程中的作用。

详细记录：每条记录都包含详细的功能描述、实验证据和相关文献。

交互式浏览：提供交互式界面，方便用户浏览和筛选感兴趣的circRNA。

特点：

专注于功能性circRNA，为研究特定生物学过程提供了有力支持。

数据经过手动策划，确保了高质量和准确性。

提供详细的功能注释和实验证据，有助于深入理解circRNA的生物学意义。

随着高通量测序技术的不断进步，circRNA的研究已经成为非编码RNA领域的热点之一，上述介绍的circRNA数据库各具特色，涵盖了从基础研究到临床应用的各个方面，研究人员可以根据自己的需求选择合适的数据库进行查询和分析，从而推动circRNA研究的深入发展，随着更多circRNA的功能被揭示，相信这些数据库将会发挥更大的作用，为人类健康事业做出更多贡献。

各位小伙伴们，我刚刚为大家分享了有关“circrna数据库”的知识，希望对你们有所帮助。如果您还有其他相关问题需要解决，欢迎随时提出哦！