iTOL(Interactive Tree of Life)是一个集系统发育树展示、注释与管理于一体的交互工具,它允许用户在线上传和编辑进化树文件,通过调整树枝、标签的颜色、形状和字体,以及添加各种数据集来丰富进化树的信息内容,iTOL支持多种格式的进化树文件,包括Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等,并提供了丰富的数据集模板供用户下载和使用。
一、使用步骤
1. 准备输入文件
原始进化树文件:这是包含进化树结构的文件,可以是MEGA等软件输出的.tre文件,或者是其他格式的进化树文件。
进化树注释文件:这是用于对进化树进行注释的文件,用户需要从iTOL官网下载相应的数据集模板,并根据模板要求修改自己的数据以获得注释文件。
2. 上传输入文件
将准备好的原始进化树文件上传到iTOL网站,需要注意的是,进化树注释文件通常直接拖动至进化树绘制面板中即可,无需单独上传。
3. 进化树绘制面板介绍
上传数据后,网页会跳转至进化树绘制面板界面,用户可以通过控制面板中的参数对进化树进行简单编辑,如调整图形模式、物种字体、树枝粗细、颜色等。
4. 添加数据集
iTOL允许用户同时展示不同的数据集,并按照个性化需求控制数据集的位置、大小和颜色,用户可以在“Datasets”选项中选择合适的作图类型,并下载相应的注释文件模板进行编辑。
5. 导出进化树
完成进化树的编辑和美化后,用户可以将进化树导出为多种格式的图形文件,包括矢量图(Vector)、位图(Bitmap)和树文件(Text)。
二、常见问题解答
Q1: 如何注册iTOL账号?
A1: 在iTOL官网(http://itol.embl.de/)右上角点击“Login”进入登录页面,新用户可以选择邮箱注册。
Q2: 如何上传进化树文件?
A2: 在iTOL官网登录后,点击“My Tree”,然后点击“Upload tree files”或直接把树文件拖入框中进行上传。
三、小编有话说
iTOL作为一个强大的系统发育树可视化工具,不仅提高了进化树的美观度,还增强了其科学性和信息量,对于科研人员来说,掌握iTOL的使用技巧无疑会在论文发表和学术交流中占据优势,不过,值得注意的是,虽然iTOL功能强大,但在使用过程中仍需注意文件格式的正确性和数据的准确性,希望本文能为广大科研工作者提供有益的参考和帮助。
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