Jasper是什么？探索其神秘与魅力

JASPAR数据库简介

JASPAR是一个开源的转录因子结合位点信息数据库，以position frequency matrices (PFMs)和TF flexible models (TFFMs)的形式记录了多种物种的转录因子DNA结合偏好信息，该数据库旨在提供高质量的转录因子结合图谱，促进开放存取，并确保易于使用，自2004年创立以来，JASPAR已经经历了多次更新，最新的版本是v5.0，最后更新于2016年3月18日。

主要特点与功能

1、数据类型与物种覆盖：

JASPAR数据库包含来自多个物种的转录因子信息，包括动物、植物、真菌等。

数据分为CORE和UNVALIDATED两部分，CORE部分包含经过正交实验验证的高质量图谱，而UNVALIDATED部分则包含更多通过高通量测序方法产生的图谱，但尚未独立验证。

2、数据格式与访问方式：

转录因子的结合偏好信息以PFMs和TFFMs的形式存储，这些信息可以转换为位置权重矩阵（Position Weight Matrices, PWMs），用于扫描基因组序列。

所有数据均可通过JASPAR网站、RESTful API、R/Bioconductor数据包以及新的Python包pyJASPAR进行访问。

3、搜索与筛选功能：

用户可以通过关键词、转录因子名称、物种等信息在数据库中进行搜索和筛选。

对于特定物种，如拟南芥，用户可以进一步限定筛选范围，如选择特定的转录因子家族进行检索。

4、详细信息与可视化：

每个转录因子条目都包含详细的信息，如名称、编号、类别、物种信息等。

用户可以查看转录因子的motif对应的序列信息、序列logo图以及每个位置上四种碱基的分布频率。

还提供了外部链接，方便用户在其他数据库中查找相关信息。

5、预测与分析工具：

JASPAR提供了多种工具，帮助用户预测基因上是否存在特定转录因子的结合位点。

用户还可以上传目的基因的启动子区域序列，通过设定阈值来预测转录因子的结合位点。

使用示例

假设我们想要查找人类转录因子MYC的结合位点信息，可以按照以下步骤操作：

1、访问JASPAR数据库网站（http://jaspar.genereg.net）。

2、在首页的搜索框中输入“MYC”，然后点击“Search”按钮。

3、浏览搜索结果，找到感兴趣的条目后点击ID进入详细页面。

4、在详细页面中，我们可以查看MYC转录因子的名称、编号、类别、物种信息等基本介绍。

5、还可以查看MYC转录因子的motif对应的序列信息、序列logo图以及每个位置上四种碱基的分布频率。

6、如果需要进一步分析或预测，可以使用JASPAR提供的分析工具或下载相关数据。

FAQs

Q1: JASPAR数据库中的CORE和UNVALIDATED数据集有什么区别？

A1: CORE数据集包含经过正交实验验证的高质量转录因子结合图谱，而UNVALIDATED数据集则包含更多通过高通量测序方法产生的图谱，但尚未独立验证，CORE数据集的数据质量更高，更可靠。

Q2: 如何在JASPAR数据库中查找特定物种的转录因子信息？

A2: 在JASPAR数据库中查找特定物种的转录因子信息时，可以通过关键词、转录因子名称、物种等信息进行搜索和筛选，对于特定物种，如拟南芥，可以进一步限定筛选范围，如选择特定的转录因子家族进行检索。

Q3: JASPAR数据库提供哪些类型的数据下载？

A3: JASPAR数据库提供多种类型的数据下载，包括motif对应的序列信息、序列logo图以及每个位置上四种碱基的分布频率等，这些数据可以以多种格式下载，方便用户进行后续分析和处理。

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