如果南京网站制作有限公司的发票丢失了,应该首先联系公司的财务部门或开票人员,了解是否有电子副本或存根。然后根据公司的规定和税务部门的要求,可能需要填写发票遗失声明,并按照流程办理补开发票或相关证明手续。