Xena，她是如何成为传奇战士的？

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UCSC Xena数据库简介及使用指南

背景介绍

UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）维护的一个强大的癌症基因组学数据分析平台，其前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser，虽然该平台目前已经停止更新，但其数据仍然具有重要价值，尤其是其中的RNA-Seq数据，Xena集成了多个公共数据集，如TCGA、GDC、ICGC和TARGET等，为用户提供便捷的数据下载和分析功能，本文将详细介绍如何使用UCSC Xena进行数据下载和分析。

基本操作步骤

进入Xena主页

用户可以通过访问Xena的官方网站（https://xena.ucsc.edu/）进入主页，在主页上点击“Launch Xena”按钮，即可直接跳转到可视化分析页面。

选择数据集

进入分析界面后，首先需要选择感兴趣的数据集，用户可以在“Study”一栏中输入关键词，如“STAD”（代表TCGA中的胃癌），然后选择相应的数据集，我们可以选择TCGA的肝癌数据作为演示。

选择变量

在选择数据集之后，接下来需要选择分析变量，用户可以选择基因型（Genomic）或表型（Phenotypic）数据进行分析，以肝癌数据为例，我们可以先选择Phenotypic数据中的样品类型（sample type），然后再选择特定的基因（如EGFR）。

数据展示与处理

选择完变量后，Xena会以热图的形式展示所选样本类型和基因的数据，用户可以通过右上角的工具图标对样品进行选择和处理，例如移除缺失数据的样品，具体操作如下：

点击三条横线的图标，选择“remove samples with nulls”来移除缺失数据的样品。

清除热图中的灰色部分，确保分析的准确性。

绘图与分析

完成数据处理后，用户可以进行各种类型的绘图和统计分析，对于EGFR基因表达数据，可以进行组间比较、分布分析和散点图绘制，还可以进行生存分析：

点击EGFR一栏右上角的三个点，选择“Kaplan Meier Plot”选项。

在进行生存分析之前，需要区分正常组织和肿瘤组织的样本，用户可以使用取样笔选取肿瘤组织的样本，并保留选中的样本。

生成EGFR在肝癌中的生存分析图。

数据下载

Xena不仅支持在线分析，还提供原始数据的下载功能，用户可以根据需要下载整理好的数据，方便后续分析，以下是具体的下载步骤：

打开数据合集界面

在Xena主页上点击“DATA SETS”，跳转到数据合集界面。

选择病种和数据类型

用户可以根据研究需求选择相应的病种和数据类型，我们可以选择下载TCGA UCEC子宫内膜癌的RNA-Seq数据。

下载数据文件

点击相应链接下载所需的数据文件，建议设置好目录以防在R语言中读取出错，我们最终获取了三个文件，分别是表达谱数据、临床表型数据和探针文件。

数据处理与整合

使用RStudio对所下载的数据进行整合及提取：

读取临床表型数据和表达谱及对应探针数据。

提取探针文件中的前两列数据（Ensembl_ID和id），用以匹配表达矩阵。

使用merge函数将探针转化的信息和表达谱信息进行合并。

检查并删除重复的基因名，确保每个基因名唯一。

将基因名设为行名，同时删除Ensembl_ID所在的列。

使用write.csv()函数导出基因表达矩阵和临床信息。

常见问题解答（FAQs）

Q1: Xena支持哪些类型的数据？

A1: Xena支持多种类型的数据，包括拷贝数变异（CNV）、基因/转录本/蛋白质表达（gene/transcript/protein expression）、DNA甲基化（DNA methylation）、外显子表达（exon expression）、ATAC-seq信号（ATAC-seq signals）以及表型/临床/样本注释（phenotypic/clinical/sample annotations）。

Q2: 如何在Xena中进行生存分析？

A2: 在Xena中进行生存分析的步骤如下：

选择感兴趣的基因和相应的数据集。

确保正常组织和肿瘤组织的样本已经区分开来。

使用取样笔选取肿瘤组织的样本，并保留选中的样本。

点击目标基因栏目右上角的三个点，选择“Kaplan Meier Plot”选项，生成生存分析图。

Q3: Xena的数据安全吗？

A3: 是的，Xena保证了数据的安全性，用户可以放心上传自己的数据进行分析，不用担心被其他用户窃取。

小编有话说

UCSC Xena作为一款功能强大的癌症基因组学数据分析平台，为用户提供了便捷的数据下载和分析功能，通过本文的介绍，相信大家已经掌握了如何使用Xena进行数据下载和基本的分析操作，希望这款工具能够助力大家的研究工作，取得更多有价值的科研成果，如果在使用过程中遇到任何问题，欢迎随时咨询我们的技术支持团队。

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